El sitio arqueológico de San Martín Huamelulpan se localiza dentro de la región geográfica denominada Mixteca Alta. El sitio está formado por cinco conjuntos de edificios cívico-religiosos como montículos cónicos, plataformas, juegos de pelota, entre otros. Estos conjuntos se ubican en una serie de elevaciones que tiene una longitud aproximada de un kilómetro de poniente a oriente y son los siguientes grupos:
a) Grupo del Cerro Volado, Localizado en la cima del cerro, sus laderas están cubiertas por una gran cantidad de desechos, de talla de piedra y numerosos tiestos.
b) Grupo del panteón.
c) Grupo de la iglesia vieja.
d) Grupo al poniente de la iglesia en donde se ha desarrollado la mayor parte de las excavaciones
e) Grupo de la iglesia, el área de habitación se localiza en las laderas y lomas.
Huamelulpam se considera como unos de los sitios más importantes de la Mixteca Alta, durante el período preclásico superior y clásico temprano que se caracteriza por la información de los primeros centros urbanos, su ocupación total abarca un período de mil años. 400 años antes de Cristo hasta 600 años después de Cristo, de este lapso de tiempo se definieron tres períodos basados en los cambios de cerámica y en las remodelaciones y nuevas construcciones de edificios mayores, estos períodos indican entonces la evolución del mismo del sitio y sus relaciones con áreas vecinas. Durante el período I (400 a 100 a.c.) Huamelulpam se funda probablemente con una aldea, de la cual se desconoce su extensión. Huamelulpam II (11 a.c. a 200 d.c.) se considera como un período de fran crecimiento que se manifiesta con la construcción de edificios cívico-religiosos principalmente. A esta fase corresponden C y G. el altar de los cráneos, las piedras labradas empotradas en el municipio y una residencia de alto rango. En esta época Huamelulpam mantiene relaciones con otros sitios mayores de la Mixteca Alta contenidos a través de sitios mayores del desarrollo de una arquitectura regional, basada principalmente en plataformas de muros rectos y monolitos en las esquinas (edificio C y G). Edificios de este tipo se encuentran en Yucuita, Diquiyu, San Vicente Nuñu y Chalca Tango. Las relaciones con el valle de Oaxaca se manifiestan a través del uso común de grifos calendáricos, de urnas antropomorfas con representaciones de tribus religiosos en forma similar. Y por la cerámica gris sin embargo Huamelulpam guarda características netamente locales como sería el tipo de construcciones de casa principalmente, además de cerámica en forma de diseños propios.
En el período III (200 a 600 d.c.) el sitio debió haber alcanzado su mayor extensión tanto por lo que se respecta el área residencial como al área donde se llevaron a cabo actividades administrativas y religiosas la composición de las casa-habitaciones de grupos sociales de alto rango muestra una mayor complejidad, la manera especial de enterrar a sus muertos en tumbas elaboradas y la diferencia de funciones de las casas son muestra de ello.
Es imposible que Huamelulpam haya funcionado como el centro de control de aldeas pequeñas ubicadas en la región cercana; la evidencia más importante es la división de la sociedad en dos grupos. El de alto rango tenía actividades como el control de la construcción de edificios de carácter público y la celebración de ceremonias religiosas, mientras que los habitantes de las aldeas participaban en estas actividades con su trabajo y su ocupación primordial era la agricultura, además de algunas actividades artesanales.