El museo de Santa Ana del Valle fue iniciado en el año 1985 y terminado e inaugurado en el año 1986. La historia del museo surge debido a los trabajos realizados en la misma comunidad al hacer hallazgos arqueológicos.  En ese entonces, se contó con el apoyo de varios arqueólogos para la apertura del museo.  

En la comunidad todavía se encuentran zonas arqueológicas, las cuales no tienen acceso debido a que las propiedades en donde se encuentran tienen dueños.  En el año 2007, fue hallado una nueva zona arqueológica en los campos de la comunidad que es una cancha de juego de pelota llamado en el idioma zapoteco "ikii yaa" la cual está en proceso para rescatarla.  

El museo cuenta con varios servicios y actualmente está en remodelación y proxima apertura de una tienda del propio museo comunitario.